San Francesco è nato nel 1182 e morto il 3 ottobre 1226, il suo Santuario si trova nella parte nord occidentale della città, su uno sperone di roccia. Entrando dalla porta S. Francesco, attraverso la via Frate Elia, si arriva alla piazza inferiore di S. Francesco, circondata da un porticato del '400. Frate Elia, divenuto Vicaro generale dell'Ordine alla morte di San Francesco, ha fondato il Santuario e il Convento nel 1228 per poter conservare il corpo. Fu consacrato nel 1253, nel XIII e XIV secolo furono fatti lavori di ampliamento; inizialmente fu progettato come edificio a due piani, di cui quello inferiore rappresenta il Santuario vero e proprio.
Nel 1223 l'Ordine francescano fu approvato da Onorio 111 e il Santo fu canonizzato da Gregorio IX nel 1228.
S. Francesco fu eletto patrono d'Italia da Pio XII nel 1939.
La Basilica è formata da due Chiese, la facciata duecentesca della Basilica corrisponde alla Chiesa superiore, di stile gotico con rosone cosmatesco, che si prolunga a sinistra con la mole quadrata del campanile. La Chiesa inferiore ha invece un sontuoso portale gotico gemino della fine del XIII secolo, preceduto da un protiro rinascimentale, del 1487. di Francesco da Pietrasanta. L'Interno è a una navata. con transetto, abside e cappelle laterali. divisa in cinque campate da basse arcate. Nella navata si possono ammirare affreschi duecenteschi del Maestro di S. Francesco, dove il colore predominante è l'azzurro. Nelle cappelle si possono ammirare: a sinistra le storie della vita di S. Martino di Simone Martlni: a destra affreschi di Giotto e dei suoi allievi. Nella volta del presbiterio si trovano affreschi allegorici, di Giotto e aiuti. A destra Madonna, Angeli e S. Francesco, di Cimabue. Nel transetto sinistro affreschi di Pietro Lorenzetti (scene della Passione).
Approfondimenti
La tomba di San Francesco, ritrovata nel 1818, si trova nella cripta al centro della navata: invece le spoglie del Santo si trovano sopra l'altare in un'urna di pietra chiusa da sbarre di ferro. Dai transet: due scale portano a una terrazza che si affaccia sul chiostro grande e da qui una scala porta alla Chiesa Superiore. Questa è una navata, con quattro campate dalle volte a crociera, con transetto e abside poligonale. Nel transetto si trovano affreschi di Cimabue (1277). Nella navata del santuario, in alto al fianco delle vetrate duecentesche, ci sono affreschi del Vecchio e Nuovo Testamento. Nella parte Inferiore i ventor: celebri affreschi di Giotto, che raffigurano episodi della Vita di S. Francesco..