La chiesa fu costruita dai frati Minori Conventuali nel secolo XIV, un tempo intitolata a San Francesco, dal 1922 è diventata il Santuario della Beata Vergine delle Grazie, patrona della città di Pesaro. Infatti quando fu demolita la chiesa situata a Porta fano, i Frati Servi di Maria traferirono qui l'immagine della Beata Vergine delle Grazie. La primitiva chiesa del secolo XII era dedicata a San Pietro ed aveva la facciata verso Piazza del Popolo, i Conventuali, con l'aiuto dei Malatesta, signori di Pesaro, l'ampliarono e la modificarono come la vediamo oggi.

Nel secolo XVIII la Chiesa subì una radicale trasformazione. La Chiesa in stile gotico comprendeva l'attuale navata centrale con tetto a capriate e la navata destra. Era affrescata e riceveva luce da lunghe finestre ancora visibili dall'esterno. Nel secolo XVI fu aggiunta la navata sinistra, furono chiuse le finestre gotiche e aperte quella della navata centrale, nelle navate laterali furono costruiti dodici altari. Dopo la trasformazione del secolo XVIII l'interno e la facciata presero la forma attuale: a tre navate con nove altari.Ulteriori modifiche furono apportate nel 1953 all'altare maggiore e all'abside. Sull'ampia facciata in mattoni a vista spicca il portale gotico ogivale, di scuola toscana voluto da Pandolfo II Malatesta nel 1366.

Approfondimenti
Sopra il portone d'entrata principale del santuario si trova una tela di S. Francesco che ottiene l'Indulgenza della Porziuncola, dipinta da Sebastiano Conca nel 1745. Sopra questo dipinto si trova l'immagine della Beata Vergine delle Grazie. La prima immagine della Beata Vergine delle Grazie andò distrutta durante un incendio nel 1545, ma fu ridipinta da Pompeo Morganti. La comunità di Pesaro ha sempre invocato la Beata Vergine delle Grazie per tenere lontano dalla città il terremoto, i nemici e il colera. All'interno della chiesa si trovano numerosi affreschi dell '300 e del '400 tra cui Gesù Bambino tra i profeti, la SS. Trinità di Nicolò da Pesaro; Miracolo di S. Pellegrinonno Laziosi, di Francesco Mancini.