Nell'anno 1538 fu iniziata la costruzione del Convento e nel 1540 si stabilirono i Frati Cappuccini. Padre Pio da Pietrelcina arriva il 28 luglio 1916 e vi rimane fino alla sua morte il 23 settembre 1968. Il Santuario comprende la vecchia chiesina e la Basilica, la Chiesa è dedicata S.Maria delle Grazie, la sua costruzione fu iniziata nel 1540 e venne consacrata il 5 luglio 1676.La nuova Basilica invece fu iniziata nel 1956 ad operra dell'arch. Giuseppe Gentile e venne consacrata il 1° luglio 1959 da Mons. Paolo Carta, vescovo di Foggia. La beatificazione di Padre Pio è stata fatta da Giovanni Paolo II il 1° maggio 1999 ed in sua memoria sta sorgendo il nuovo santuario. Questo nuovo santuario all'interno potrà ospitare 7200 fedeli seduti e 30.000 pellegrini. Uno degli archi che reggono la volta ha una luce di 50 metri e un'altezza di 16, è sicuramente il più grande arco portante di pietra mai realizzato.

All'interno della chiesa si trova: la Madonna con il Bambino, S. Francesco e S.Michele Arcangelo; l'altare di S. Francesco dove Padre Pio ha celebrato la S. Messa dal 1945 al 1959; e alla sua sinistra si trova il confessionale dove Padre Pio ascoltò le confessioni delle donne fino alla sua morte. L'altare maggiore è costruito con pietra locale di Montenero, alle sue spalle si trova l'Effige della Madonna delle Grazie, protettrice di S. Giovanni Rotondo, ai lati S. Giovanni Battista e S. Paolo.

Il nuovo Santuario è a tre navate: quella centrale raffigura la Madonna delle Grazie. Nelle navate laterali sugli altari si trovano otto mosaici, nella sacrestia della chiesa nuova si trova un trittico  di A. Achilli (Crocifisso, Madonna del Cardellino, S.Antonio Abate), a destra dell'altare maggiore si trova un grande organo. Al centro del presbiterio si trova l'altare dove Padre Pio celebrava le S.Messe. La tomba di Padre Pio si trova nella cripta, il Crocifisso davanti al quale Padre Pio ottenne le stigmate (20 settembre 1918) si trova nella chiesina. Nel 1956 fu inaugurato il grande ospedale voluto da Padre Pio «Casa Sollievo Sofferenza».